《X战警》系列中的那些变异超人总是满脑子官司，没想到他们“主演”的《X战警3》也命运多舛。开拍两个月前，原定执导该片的马修·沃恩离开剧组，据说是因为“个人原因”，这已经是第二起《X战警3》更换导演事件了。
第一个离开该片剧组的导演是曾经执导过前两集《X战警》的布莱恩·辛格，当他和华纳公司签订了导演新版《超人》的合同之后，《X战警》的东家福克斯公司突然把他“炒”了。而沃恩曾经因为《X战警3》的剧情和成本问题和福克斯公司发生过激烈的争执。而福克斯公司坚持说沃恩的离职与这些事情毫无关系，沃恩本人表示他离开剧组是因为他的家庭身处伦敦，而《X战警3》主要在温哥华拍摄，他不想在将近一年的时间里和自己的家庭隔离。福克斯公司总裁胡奇·帕克说：“我们理解沃恩离开的理由，没有什么比家庭更重要。”
沃恩是盖·里奇的《两杆大烟枪》和《掠夺》的制片人，他自己出手导演的处女作《花式蛋糕》（Layer Cake）也是黑帮片，这部投资700万美元的小片子受到热情的好评。《X战警3》是他参与过的第一部大投资主流电影。
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